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La deforestación, la fragmentación de su hábitat, el conflicto con los humanos, la caza y el tráfico son las principales amenazas para el jaguar.
Estas acciones han ocasionado una considerable disminución de su hábitat, de sus poblaciones y también de sus presas.
La cacería furtiva es una gran amenaza que enfrenta la especie. Ésta es producto del conflicto con las comunidades humanas que temen por la seguridad de su ganado o por posibles ataques a las personas. En ciertas regiones, los jaguares compiten por el alimento con los pobladores y, al no encontrarlo, es común que los felinos vayan tras el ganado doméstico y, en represalia, son atacados. Asimismo, son víctimas de cacería por trofeo y el tráfico de sus partes.
Latinoamérica tiene una de las tasas de deforestación más altas del mundo, causada principalmente por el sector agropecuario.
El cambio de uso de suelo para la ganadería y la siembra de monocultivos, como la palma de aceite y soya, son motores de deforestación recurrentes.
La conflictiva relación entre comunidades humanas y el felino, reportada en todas las áreas donde habita, amenaza la supervivencia de la especie.
La expansión de la mancha urbana y los asentamientos humanos provocan la fragmentación en los ecosistemas y lo desplazan de su territorio, lo que ocasiona una disminución de jaguares y sus presas.
La minería, el desarrollo de infraestructura, enfermedades emergentes, la mayor frecuencia y severidad de incendios y cambios en la estructura de ecosistemas por cambio climático también ponen en riesgo al jaguar.
